Ledenraad
De Ledenraad is het hoogste orgaan van het NIP. In de raad hebben gekozen afgevaardigden uit de sectoren en secties zitting. In de Ledenraadvergaderingen worden belangrijke beslissingen over het beleid van het NIP genomen.

Algemeen Bestuur
Het Algemeen Bestuur zet de hoofdlijnen van het verenigingsbeleid uit en wordt benoemd door de Ledenraad. Het Algemeen Bestuur houdt zich bezig met de verschillende sectoractiviteiten en de werkzaamheden van commissies en raden. De dagelijkse gang van zaken van de vereniging op bestuurlijk gebied valt onder de verantwoordelijkheid van de directeur op het NIP-bureau. 

Sectoren en secties
Het NIP heeft vier sectoren: Arbeid en Organisatie, Gezondheidzorg, Jeugd en Intersector. De eerste drie sectoren komen overeen met de belangrijkste werkterreinen van psychologen: arbeid en organisatie, gezondheidszorg en opvoeding en onderwijs. De Intersector is voor de leden die werkzaam zijn op ‘nieuwe’ of specifieke terreinen binnen de psychologie.
Binnen de sectoren opereren secties die zich bezighouden met een bepaald segment van een van de werkvelden. De besturen van de sectoren en secties bestaan uit psychologen die zich naast hun werk actief inzetten voor de vereniging. Elk NIP-lid is aangesloten bij minimaal één van de sectoren of secties.

NIP-bureau
De operationele spil van de vereniging is het NIP-bureau in Amsterdam. Het leeuwendeel van de dienstverlening verloopt via dit bureau en wordt uitgevoerd door ruim vijftig gemotiveerde professionals. Het bureau wordt geleid door directeur Rein Baneke.
Het NIP-bureau verzorgt alle uitvoerende en ondersteunende taken voor de vereniging, zoals financieel beheer, ledenadministratie, communicatie en voorlichting, individuele en collectieve belangenbehartiging en beleidsondersteuning. Op het NIP-bureau zijn ook de registers, de tuchtcolleges, de COTAN en de redactie van De Psycholoog ondergebracht.